Luas wilayah NKRI, terlebih dengan ribuan pulau yang menimbulkan banyak tempat pemasukan dan pengeluaran dibandingkan dengan jumlah SDM Perkarantinaan yang dimiliki saat ini, memerlukan terobosan inovasi dan teknologi agar dapat tetap menjamin kelestarian sumber daya alam hayati yang sangat kaya ini. Termasuk menjamin kesehatan masyarakat selaku pengguna akhir produk pertanian. "Hal ini merupakan tantangan juga bagi negara-negara di daratan benua Eropa, SDM Perkarantinaan yang terbatas dibandingkan luas wilayah yang harus dijaga.