Dalam menyelenggarakan layanan perlindungan varietas tanaman (PVT), Pusat PVTPP telah memiliki dan mengelola prasarana dan sarana berupa kebun pemeriksaan substantif (KPS). Sebanyak tiga KPS yang telah berjalan berlokasi di Manoko (tanaman dataran tinggi), Mojosari (tanaman dataran rendah), dan Muara (tanaman dataran menengah – rendah). Dalam menjalankan peran KPS PVT dan meningkatkan standar kualitas pelayanan PVT, Pusat PVTPP telah pula menyusun dan menerapkan pedoman penetapan standar dan panduan pengelolaan bagi KPS PVT.